In der Schweiz sind vor allem Pflanzen und Tiere der ehemaligen Flussauen vom Aussterben bedroht. Dies weil die meisten Flüsse - oft zugunsten der Landwirtschaft - stark verbaut und begradigt wurden. Das Gewässerschutzgesetz fordert daher die möglichst naturnahe Gestaltung aller Fliessgewässer, auch bei Hochwasserschutzprojekten. Beim Projekt Rhesi wird diese gesetzliche Vorgabe wegen gegenläufiger Interessen (Landwirtschaft, Grundwasserbrunnen für die Trinkwassergewinnung) nur ungenügend umgesetzt, obwohl technisch bedeutend bessere Lösungen möglich wären (z.B. neue Brunnen ausserhalb des Rheinvorlandes).