Bei der Wasserkraft wird die Einspeisevergütung, wie bei den neuen Technologien, anhand von Referenzanlagen bestimmt. Dieser Ansatz führt zu grossen Abweichungen gegenüber den realen Gestehungskosten und bei den rentabelsten Anlagen zur Übervergütung im Bereich mehrerer Rp./kWh. Ein grosser Teil der Fördermittel fliesst in Klein- und Kleinstanlagen mit unbedeutender Produktion aber hohen Umweltauswirkungen. Eine Begrenzung der maximal anrechenbaren Gestehungskosten bei Wasserkraftanlagen auf 20 Rp./kWh (ähnlich hoch wie Maximum bei Photovoltaik) hilft mit, diese Exzesse zu unterbinden. Der Nationalrat hat diesem „ökonomischen Umweltschutz“ mit 99 zu 94 Stimmen zugestimmt.