Aufgrund der Sanierung des bestehenden Strassentunnels wollen Bundesrat und die Mehrheit des Parlamentes einen zweiten Tunnel bauen, diesen jedoch nur zur Hälfte- 2 statt 4 Spuren – nutzen. Entsprechend darf der zweite Tunnel auch nicht zur Staureduktion dienen. Die Umweltorganisationen sind der Ansicht, dass dieses Vorgehen nicht mit dem in der Verfassung verankerten Alpenschutz zu vereinbaren ist. Die Zusatzkosten von circa 3 Mia. Franken sind schlecht investiert. Die Bevölkerung hat sich bereits 2004 gegen einen zweiten Gotthardtunnel ausgesprochen (Gegenvorschlag zur zurückgezogenen Avanti-Initiative). Im Gegensatz zum alternativen Sanierungsvorschlag mit Bahnverlad bleibt in der Variante der Sanierung mit einem zweiten Tunnel das Tessin während 140 Tagen für Autofahrer über die Gotthardachse gar nicht mehr erreichbar, da mit der entsprechenden Notsanierung nicht zugewartet werden kann bis der zweite Tunnel fertig gebaut ist. Trotz diesen Einwänden haben sich National- und Ständerat für einen zweiten Tunnel ausgesprochen. VCS, Alpeninitiative und weitere Organisationen haben dagegen das Referendum ergriffen.